Bývalá rybářská osada se rozrostla v město, které bylo vystaveno kolem údajně bezedné sladké laguny, která je dnes už propojena s mořem. Před vznikem města tu stála pevnost Mirabello.
Dominantou města je určitě záliv Mirabello, který představuje největší přírodní zátoku na Krétě. V minulosti se tu hojně obchodovalo, čemuž je tak i dodnes. Agios Nikolaos patří k oblíbeným střediskům na Krétě, ve kterém najdete třeba tradiční domy a neoklasicistní budovy.
