Pravděpodobně první barokní stavba celého Krakova, která vznikala mezi lety 1597-1619, je právě kostel sv. Petra a Pavla. Kostel byl založen králem Zikmundem III. pro jezuitský řád. Na stavbě se postupně vystřídalo více architektů z nichž poslední, Giovanni Trevano vtiskl kostelu nynější podobu. V současné době se pro svoji akustiku využívá i pro koncertní účely.
