Archeologické muzeum v Herakleionu patří k nejvýznamnějším v rámci Evropy, a v rámci Řecka se mu vyrovná jak velikostí, tak významem jen Národní archeologické muzeum v Athénách. Prohlédnout si tu můžete mnoho exponátů z minojské doby – z Knossu, Faistu, Zakru či Malie, ale obecně tu uvidíte předměty ze všech historických období na Krétě od neolitu až po dobu římskou.
Muzeum vzniklo mezi lety 1904-1907, kdy bylo postaveno na troskách katolického kostela sv. Františka, který byl zničen zemětřesením. Spatřit tu lze velmi rozličné předměty – keramiku, šperky, sošky, sarkofágy, fresky a mnoho dalšího, je třeba si na muzeum vyhradit dostatek času. Z exponátů k nejzajímavějším a nejvzácnějším patří sochy z minojského Knossu a slavný disk z Faistu, dále obřadní nádoba na nápoje ve tvaru býčí hlavy s očima z horského křišťálu. Pozornost poutají i fragmenty nástěnných maleb z Knossu a dalších míst.
