Mauzoleum ze 17. století v sobě nese eleganci benátského stylu a představuje místo císařského odpočinku hned vedle katedrály. Krypta je vyzdobena bohatou štukovou výzdobou a freskami. Oválná kopule mauzolea byla tehdy unikátem mimo Itálii. Uvnitř odpočívá Ferdinand, jeho žena a syn. Jejich hrob označuje jen prostá deska na zdi. Mnohem impozantnější je červenomramorový sarkofág rodičů Ferdinanda – Karla II. a Marie Bavorské, ale uvnitř odpočívá pouze Marie.
